La CMA reçoit ses orientations de ses coprésidents, qui déterminent aussi son programme de travail annuel. Les coprésidents de la CMA sont: Festus Mogae, président du Botswana; Meles Zenawi, premier ministre de l’Ethiopie; Alpha Oumar Konare, président de la commission de l’Union Africaine; Dr. Frene Ginwala, ancien porte-parole de l’Assemblée national sud-africaine; Ministre Hilde Johnson de la Norvège et président de JICA, Sadako Ogata. L’ancien président de Botswana, Ketumile Masire; ancien ministre des pays bas, Jan Pronk; et ancien Président de la Banque Mondiale, Robert McNamara sont des co-présidents honoraires.

Sous la direction générale de ses Coprésidents, les activités de la CMA sont coordonnées par un secrétariat basé à Washington. M. Hage Geingob, l’ancien Premier Ministre de Namibie, est le Secrétaire Exécutif.