La CMA est financée par des contributions qui viennent des partenaires en développement bilatéraux et multilatéraux de l'Afrique. En plus de sa contribution financière considérable, la Banque Mondiale fournit aussi de l'assistance administrative et du support logistique à la CMA. Le financement est utilisé pour couvrir les frais du secrétariat de la CMA y compris les activités liées a des réunions de la CMA.